Zde pořádáme komorní koncerty, zejména koncerty cyklů Komorní hudba a Stará hudba. V kostele hrál na varhany i Wolfgang Amadeus Mozart či Joseph Haydn. Kostel nabízíme rovněž k pronájmu.
Zobrazit koncertyV místech, kde dnes stojí kostel svatých Šimona a Judy a Nemocnice Na Františku, založil před rokem 1354 Bohuslav z Olbramovic špitál, jehož součástí byla i nezbytná kaple svatých Šimona a Judy, kazatelů Evangelia v Mezopotámii a Sýrii, kterou vysvětil tehdejší arcibiskup pražský a blízký spolupracovník Karla IV. Arnošt z Pardubic.
Kaple byla postupně přestavována a rozšiřována, krátce před rokem 1620 nekatolickými církvemi dokonce tak velkoryse a průkopnicky, že hrozila stát se vážným ideovým i konstrukčním konkurentem svatovítské katedrále. Po bitvě na Bílé Hoře kostel (i s přilehlým špitálem) vánočním darem obdržel řád Milosrdných bratří, který jej přestavěl a v roce 1632 znovu vysvětil.
O téměř 100 let později byl kostel opět rozsáhle upravován, tentokrát ve stylu vrcholného baroka. V tomto období byly instalovány varhany (nástroj Andrease Wambetssera, s výtečným autentickým zvukem, na který hrály tak významné osobnosti jako Wolfgang Amadeus Mozart či Joseph Haydn a které jsou v provozu dodnes), byla přistavěna věž, pozoruhodně zařízena intarsiemi zdobená sakristie. Postupně byla prováděna bohatá vnitřní výzdoba, vztyčeny oltáře, instalovány sochy. Na sochařské výzdobě se krátce před rokem 1723 podílel i samotný Ferdinand Maxmilián Brokoff. Vše bylo završeno iluzivní malbou presbyteria definitivně dokončenou roku 1773 Josefem Hagerem.
V letech 1989–1993 proběhla za podpory hlavního města Prahy rozsáhlá rekonstrukce a objekt byl předán ke spravování Symfonickému orchestru hl. m. Prahy FOK. Současně probíhající archeologický průzkum odhalil v severní lodi poklad – 350 stříbrných mincí z období vlády Jiřího z Poděbrad a Maxmiliána II. (1564–1576).
Po roce 1989 kostel svatých Šimona a Judy restituoval Hospitálský řád sv. Jana z Boha – Milosrdní bratři. Kostel spravoval Symfonický orchestr hl. m. FOK, který tento prostor využívá jako koncertní síň pro své abonentní koncerty komorní hudby. Rekonstrukce pomohla vytvořit k historickým prostorám profesionální zázemí, včetně podlahového topení, které umožňuje celoroční provoz. V roce 2020 kostel odkoupilo Hlavní město Praha a v roce 2021 svěřilo Symfonickému orchestru hl. m. Prahy FOK.
Dnem 29. srpna 1993 se stal kostel jedním z nejvýznamnějších prostorů pro pořádání abonentních koncertů komorní hudby Koncertního jednatelství FOK, dalších institucí a pražského hudebního života vůbec. Kostel sv. Šimona a Judy je využíván i pro doprovodné akce, výstavy, audio a video nahrávání, rozhlasové a televizní přenosy. Při mimořádných příležitostech jsou organizovány vlastivědné či umělecko-historické prohlídky.
